Датой открытия Хакасского научно-исследовательского института языка, литературы и истории (ХакНИИЯЛИ) принято считать 1 октября 1944 г., институт стал первым научным учреждением с гуманитарным направлением в Хакасии. Подобные научные гуманитарные центры появились несколько раньше в некоторых национальных регионах страны: Марийский НИИЯЛИ (с 1930 г.), Мордовский НИИЯЛИ (с 1932 г.), Башкирский НИИЯЛИ (с 1932 г.) и др. В первые годы войны вопрос об открытии института был временно отложен, но в 1944 г. местные партийные органы вновь вернулись к вопросу об его открытии. Комплекс проблем, связанный с дальнейшим культурным развитием хакасского народа и стал основной причиной для открытия Хакасского научно-исследовательского института языка, литературы и истории, не дожидаясь окончания войны.
Первым директором ХакНИИЯЛИ был назначен известный хакасский писатель и ученый Н. Г. Доможаков. Директор обязывался нести персональную ответственность перед Наркомпросом РСФСР и Хакасским облисполкомом за всю деятельность института. Он организовывал научно-исследовательскую работу и нес ответственность за повышение квалификации научных работников.
В Институте установили 11 штатных должностей административно-хозяйственного, научно-исследовательского и научно-вспомогательного персонала: директор, ученый секретарь, заведующие секторами, научные сотрудники, библиотекарь, секретарь-машинистка, старший бухгалтер, заведующий хозяйством, уборщицы и дворник-истопник. В институте начали работу три сектора: языка и письменности, литературы и фольклора, истории и этнографии. Одними из первых научных сотрудников института стали Ф. Г. Исхаков, Ц.-Д. Номинханов, В. П. Левашёва, А. П. Липский, М. А. Унгвицкая, А. А. Кенель, П. И. Каралькин, Ю. А. Шибаева, В. И. Доможаков, Н. И. Карнаухов, К. М. Патачаков, Д. М. Кокова и др.
Посетивший институт в 1945 г., сотрудник Красноярского краеведческого музея и археолог Э. Р. Рыгдылон отметил значение ХакНИИЯЛИ для Красноярского края: «… этот молодой институт пока единственное научно-исследовательское специальное учреждение в крае, который заслуженно претендует стать более солидным учреждением при поддержке вышестоящих организаций».
В первые годы существования ХакНИИЯЛИ была проделана плодотворная работа. Тесное сотрудничество с ведущими научными центрами страны и известными учеными, активная деятельность научных сотрудников в сборе материалов по фольклору, археологии, этнографии, истории, языку способствовали системному развитию науки. Возложенные на институт цели и задачи по изучению языка, литературы и истории себя оправдали. Постепенно Хакасский научно-исследовательский институт языка, литературы и истории становился научным центром Хакасии.
